做生信分析一定是离不开各种数据库的!今天小编整理了一些常用生信数据库分享给大家!
一、DNA序列相关数据库
1.基因组数据库:Ensembl、UCSC、MGD、RGD、EcoCyc
2.基因功能研究:KEGG、GO、Wiki、Reactome、GeneCards
3.真核生物启动子数据库:EPD
4.分子探针数据库:MPDB
5.复合元件数据库:COMPEL
6.基因表达数据库:GEO、GXD
7.DNA变异数据库:dbVar、dbSNP、VarScan
8.基因相互作用数据库:BioGRID
9.基因疾病预测数据库:HGMD
二、RNA序列相关数据库
1.非编码RNA数据库:starBase、NONCODE、deepbase
2.IncRNA数据库:IncRNAdb、NRED、IncRNADisease
3.miRNA数据库:miRBase、miRTarBase、miRCancer
4.circRNA数据库:circRNABase、circBase、Circ2Traits
5.核酸序列预测分析:CENSOR、RepeatMasker、BLAST
6.RNA与疾病关系数据库:RNADisease
7.非编码RNA与免疫关系数据库:RNA2lmmune
8.RNA修饰关联的读出/擦除/写入蛋白靶标数据库:RM2Target
9.细菌必需非编码RNA数据库:DBEnRNA
三、蛋白质相关数据库
1.转录因子调节关系:TRRUST、Cistrome、TRRD
2.转录因子结合模式预测:JASPAR
3.蛋白质结构域数据库:DOMO
4.蛋白相互作用数据库:STRING、HPRD
5.蛋白质功能分析:InterPro
6.跨膜蛋白数据库:TMBase
7.蛋白质突变体数据库:PMD
8.蛋白质糖基化位点数据库:GLYCBASE
四、其他数据库
1.疾病相关数据库:OMIM、Malacards、TCGA、GSCA
2.分子生物标志物数据库:MarkerDB
3.细胞标志物数据库:singleCellBase
4.细胞标志物数据库:CellMarker
5.细胞发育轨迹数据库:CellTracer
6.人类细胞互作数据库:CITEdb
7.免疫信号通路关联的调控子数据库:ImmReg
8.人类衰老单细胞注释知识库:AgeAnno
9.肿瘤免疫治疗相关:TIGER
10.耐药性信息数据库:DRESIS