液体菌种的培养方式主要有振荡培养和发酵罐培养两类。振荡培养又称为高效摇瓶培养，是利用机械振荡，使培养液振动而达到通气的目的，是将斜面试管菌种接种到培养液中，置摇床上振荡培养。
高效摇瓶培养的工艺流程为：制备培养基一分装一灭菌一冷却一接种一摇床培养一一级液体菌种一二级液体菌种。经高效摇瓶培养的菌丝体一般呈球状、絮状等多种形态，培养液呈黏稠状或清液状，有或无清香味及其他异味。菌液中因有菌体发酵产生的次生代谢产物，可呈不同的颜色。
采用高效摇瓶培养液体菌种时，可以采用往复式摇床或者旋转式摇床。往复式摇床的往复频率一般在80～140r/min，冲程一般为5～14cm，在频率过快、冲程过大或瓶内液体过多时，振荡使液体容易溅到瓶口纱布上而造成污染。旋转式摇床的偏心距一般为3～6cm，旋转次数为60～300r/min，它的结构比较复杂，加工安装要求比往复式摇床高，造价也较贵，但是氧的传递好、功率消耗低，培养基一般不会溅到棉塞上。因此，要根据实际需要选择合适的摇床及振荡速度。
以上是利用高效摇瓶进行食用菌液体菌种培养的要点，高效摇瓶除了用于食用菌液体菌种的培养外，还可用于全时悬浮细胞培养，培养基制备或储存。
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